Pada 1961, Perdana Menteri Persekutuan Tanah Melayu, Tunku Abdul Rahman mencadangkan pembentukan sebuah persekutuan yang terdiri daripada Persekutuan Tanah Melayu, Singapura, Sabah dan Sarawak yang kini dikenali sebagai Malaysia.[perlu rujukan]

Apabila Malaysia terbentuk pada tahun 1963 di peringkat awal, keadaan berjalan lancar. Menjelang tahun 1964, Lee Kuan Yew melahirkan perasaan rasa tidak puas hati akan hak-hak orang Melayu dan mencadangkan konsep Malaysian-Malaysia. Lee turut berkempen untuk percantuman dengan Malaysia dan menamatkan pemerintahan penjajah British. Dia menggunakan keputusan pungutan suara pada 1 September 1962, yang mana 70% undi-undi menyokong cadangannya. Semasa Operasi Coldstore, Lee berjaya menghancurkan puak prokomunis yang dikatakan terlibat dalam aktiviti-aktiviti subversif.[perlu rujukan]

Pada 16 September 1963, Singapura menjadi sebahagian daripada Persekutuan Malaysia. Bagaimanapun, umur kesatuan ini tidak lama kerana berhadapan dengan masalah perpaduan. Kerajaan Pusat Malaysia, diperintah oleh Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu (UMNO), yang bimbang dengan kemasukan Singapura kerana majoriti penduduk berbangsa Cina dan cabaran politik Parti Tindakan Rakyat (PAP) di Malaysia. Lee secara terbuka menentang dasar bumiputera dan melaungkan slogan "Malaysian Malaysia". Slogan ini menentang dominasi bangsa Melayu. Hubungan PAP-UMNO semakin tegang. Beberapa pemimpin UMNO mahu Lee ditangkap di bawah ISA. Jika beliau ditangkap, golongan prokomunis akan lebih berkuasa.[perlu rujukan]

Pada 21 Julai 1964, rusuhan kaum berlaku di Kallang Gasworks, di mana 23 orang terbunuh dan ratusan cedera. Rusuhan ini ialah akibat pergaduhan antara orang Cina dan orang Melayu. Ia dipercayai berpunca daripada sebiji botol yang dilemparkan kepada satu perarakan Maulidur Rasul. Ada juga[nyatakan menurut siapa?] yang menyatakan ia dimulakan oleh seorang Melayu. Lebih banyak rusuhan meletus pada September 1964. Perusuh merampas kereta-kereta dan kedai-kedai, memaksa kedua-dua Tunku Abdul Rahman dan Lee Kuan Yew turun padang untuk menenangkan keadaan. Harga makanan juga naik secara mendadak.[perlu rujukan]

Akibat tidak mampu menyelesaikan krisis itu, Perdana Menteri Malaysia, Tunku Abdul Rahman memutuskan untuk mengeluarkan Singapura dari Malaysia. Keputusan itu dibuat oleh Tunku semasa beliau sedang dirawat di London. Lee berkeras dan cuba untuk berkompromi, tetapi tidak berjaya. Dia kemudiannya telah diyakinkan oleh Goh Keng Swee kerana pemisahan tidak dapat dielakkan. Lee Kuan Yew menandatangani satu perjanjian pemisahan pada 7 Ogos 1965, yang membincangkan terma-terma pemisahan Singapura dengan Malaysia tetapi meneruskan kerjasama perdagangan dan pertahanan.[perlu rujukan]

Lee mengumumkan pemisahan Singapura daripada Persekutuan Malaysia di televisyen pada 9 Ogos 1965. Kegagalan penggabungan ini membawa pukulan berat kepada Lee, yang percaya kerana ia penting untuk kewujudan Singapura. Pemisahan ini bukanlah dengan sengaja diadakan dan beliau bukan sengaja memulakan keruntuhan Malaysia.[perlu rujukan]

Sebab lain pemisahan ialah Lee Kuan Yew juga menubuhkan cawangan Parti PAP di Semenanjung Tanah Melayu. Apabila keadaan menjadi semakin genting, Tunku Abdul Rahman selaku Perdana Menteri Malaysia pada waktu itu menyingkirkan Singapura dari Malaysia walaupun Lee Kwan Yew tidak mahu perkara itu berlaku. Hasratnya untuk menjadi Perdana Menteri Malaysia akan turut terkubur. Langkah berbahaya cuba dilakukan oleh Lee Kuan Yew dengan mengajak Sabah, Sarawak, Melaka dan Pulau Pinang bergabung dengan Singapura membentuk negara baru. Idea ini tidak mendapat sambutan pemimpin negeri berkenaan.[perlu rujukan]

Akhirnya pada 9 Ogos 1965, Singapura telah dipisahkan dengan Malaysia. Sejak itu, hubungan Malaysia dengan Singapura sering kali berlaku pasang-surut mengenai isu-isu yang berkaitan dengan kedua-dua rakyat sama ada Malaysia dan Singapura.[perlu rujukan]

Sejak tahun 1965 hingga 1980, Malaysia lebih bersikap lembut tetapi dalam era Dr. Mahathir Mohamad, Malaysia lebih keras mengenai hal-hal yang berkaitan dengan kedaulatan negara Malaysia.[perlu rujukan]